Η ίδρυση και λειτουργία μη κρατικών μη κερδοσκοπικών πανεπιστημίων περιγράφεται από το υπουργείο ως μια από τις πιο σημαντικές θεσμικές τομές στην ανώτατη εκπαίδευση, που αλλάζει το τοπίο και ανοίγει νέες προοπτικές. Η πρωτοβουλία έχει προκαλέσει αντιδράσεις από την Πανελλήνια Ένωση Αναγνωρισμένων Κολλεγίων και τον Δικηγορικό Σύλλογο Αθηνών, οι οποίοι εγείρουν ενστάσεις για τη διαδικασία αδειοδότησης και το περιεχόμενο του προγράμματος σπουδών της νέας Νομικής Σχολής ιδιωτικού πανεπιστημίου.
Η Ένωση Κολλεγίων υποστηρίζει ότι η διαδικασία έγινε με δύο μέτρα και δύο σταθμά και ότι δεν ζητήθηκαν από τους αιτούντες έγγραφα που θεωρούνται απαραίτητα σε άλλες εκπαιδευτικές δομές, όπως ποινικά μητρώα, ασφαλιστικές και φορολογικές ενημερότητες, πιστοποιητικά φερεγγυότητας, καταστατικά που αποδεικνύουν τον μη κερδοσκοπικό χαρακτήρα, μισθωτήρια και πιστοποιητικά πυρασφάλειας. Επιπλέον επισημαίνει ότι δεν αναρτήθηκαν στη Διαύγεια συγκεκριμένα έγγραφα, ενώ εκφράζει αμφιβολίες για την προέλευση κεφαλαίων και εγγυητικών επιστολών.
Ο υφυπουργός Παιδείας, Καθηγητής Νίκος Παπαϊωάννου, απορρίπτει τις ενστάσεις και διευκρινίζει ότι η αξιολόγηση των πανεπιστημιακών φακέλων διαφέρει ουσιαστικά από εκείνη των κολλεγίων και ΙΕΚ και ότι οι αιτήσεις εξετάστηκαν με βάση τον νόμο και τα στοιχεία που υπέβαλαν τα μητρικά ιδρύματα. Επισημαίνει ότι τα καταστατικά των νομικών προσώπων που έλαβαν θετική εισήγηση έχουν δημοσιευθεί στο ΦΕΚ και ότι οι εγγυητικές επιστολές και τα παράβολα έχουν ελεγχθεί από το υπουργείο και είναι διαθέσιμα σε πρόσωπα με έννομο συμφέρον.
Σχετικά με τις αιτήσεις που δεν έγιναν δεκτές, ο υφυπουργός δηλώνει ότι αυτό δεν σημαίνει αυτόματα χαμηλή ποιότητα, αλλά ότι στους φακέλους υπήρχαν σημεία που απαιτούν διευκρινίσεις. Τα ιδρύματα αυτά μπορούν να επανυποβάλουν φάκελο την επόμενη ακαδημαϊκή χρονιά, ο οποίος θα αξιολογηθεί εκ νέου πριν την ενδεχόμενη λειτουργία.
Από ηθική σκοπιά που βασίζεται στην αρχή του καθήκοντος και του κανόνα που μπορεί να γενικευθεί, η δημόσια πολιτική πρέπει να στηρίζεται στην αδιαμφισβήτητη τήρηση των κανόνων και στην ίση μεταχείριση των υποψηφίων. Η διαφάνεια στις διαδικασίες, η πρόσβαση των ενδιαφερομένων σε κρίσιμα έγγραφα όταν υπάρχει έννομο συμφέρον και η σαφής τήρηση των δημοσιευτέων πράξεων εξασφαλίζουν το σεβασμό στην αυτονομία των πολιτών και την εμπιστοσύνη στο θεσμικό πλαίσιο.
Προτάσεις για βελτίωση περιλαμβάνουν την ενίσχυση της προληπτικής δημοσιοποίησης στοιχείων όπου επιτρέπεται, την τυποποίηση απαιτούμενων εγγράφων ώστε να αποφεύγονται ασάφειες και την υποχρέωση επαρκούς τεκμηρίωσης των πηγών χρηματοδότησης. Πρακτική εφαρμογή αυτών των αρχών θα προωθήσει μια δίκαιη, νόμιμη και περιβαλλοντικά υπεύθυνη ανώτατη εκπαίδευση προς όφελος της κοινωνίας.